Sàng lọc các hợp chất tương tự nucleotide và nucleoside ức chế enzym RNA-dependent RNA polymerase của SARS-CoV-2 bằng phương pháp docking phân tử nhằm điều trị bệnh COVID-19

Abstract

Đại dịch COVID-19 do virus SARS-CoV-2 gây ra hiện đang là mối quan tâm lớn của toàn nhân loại. Enzym RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) của SARS-CoV-2 tham gia điều hòa quá trình nhân lên của virus được đánh giá là một mục tiêu điều trị tiềm năng để kìm hãm sự lây nhiễm của SARS-CoV-2. Trong nghiên cứu này, các tác giả tiến hành sàng lọc các hợp chất tương tự nucleotide có khả năng ức chế enzym SARS-CoV-2 RdRp bằng cách sử dụng phương pháp docking phân tử. Quy tắc 5 tiêu chí của Lipinski được sử dụng để đánh giá đặc tính giống thuốc của các hợp chất tiềm năng. Các thông số dược động học của các hợp chất tiềm năng được đánh giá bằng công cụ pkCSM. Dựa trên các công bố trước đây, bài báo đã thu thập được 100 hợp chất tương tự nucleotide và nucleoside. Kết quả cho thấy, có 18 hợp chất có tác dụng ức chế enzym SARS-CoV-2 RdRp mạnh hơn cả chất chứng dương remdesivir. Phân tích quy tắc Lipinski cho thấy, 17/18 hợp chất đó có đặc tính giống thuốc. Các hợp chất: novuridin, didanosine, sofosbuvir, puromycin, defibrotite, gemcitabine và nikkomycins là các chất có năng lượng âm nhất và đặc tính dược động học dễ hấp thu, không bị chuyển hóa ở gan, thải trừ qua thận và có thể có độc tính với gan. Chính vì vậy, cần tiến hành các nghiên cứu in vitro và in vivo để có thể phát triển các hợp chất này thành thuốc điều trị COVID-19.